Virtual Screening Peptida Aktif Antikanker dari Myosin Ikan Gabus (Channa striata)

Gusti Ira Julia, Noer Komari

Sari


Ikan gabus adalah ikan air tawar yang sering digunakan dalam bidang kesehatan karena dianggap memiliki khasiat yang telah teruji secara klinis untuk beberapa penyakit. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksikan peptide aktif dari myosin ikan gabus (Channa striata) dan untuk menentukan interaksi peptidak aktif sebagai ligan dengan reseptor protein yang berperan sebagai regulator sel kanker dengan menggunakan metode molecular docking. Sequence protein myosin diperoleh dari uniprotKB database. Peptide screening menggunakan server pemotong peptida biopep-UWM, innovagen AB, allerTOP, dan toxinpred. Molecular docking dilakukan dengan SwissDock dan sifat fisikokimia peptide ditentukan dengan SwissADME. Hasil penelitian menunjukkan 11 peptida aktif dari ikan gabus, yaitu namely AK, IR, EA, QK, QR, AER, VIQ, DTSK, SPEEK, TPEEK dan EEQAEPDGTEAADK. Hasil molecular docking menunjukkan bahwa peptida AK sebagai ligan berinteraksi kuat dengan protein tirosin-kinase (PDB ID: 6Z4D) dengan energi interaksi -9,72 kkal/mol. Residu asam amino yang berinteraksi dengan ligan adalah Lys-716, Asp-800, dan Glu-804 (ikatan hidrogen), Val-717, Ser-720, Glu-804, Tyr-801, His-805, Pro-794 and Phe-795 (ikatan hidrofobik). Peptida AK secara in silico memiliki potensial sebagai anti kaker dengan menghambat protein tirosin kinase.

Kata Kunci


myosin; peptide aktif; molecular docking; in silico; anti kanker

Teks Lengkap:

PDF

Referensi


J.A.F. Jamaluddin, T.M. Pau, and M. N. S. Azizah, “Genetic Structure of The Snakehead Murrel, Channa striata (Channidae) Based on Cytochrome C Oxidase Subunit I Gene: Influence of Historical and Geomorphological Factors,” Genetic and Molecular Biology, vol. 34, 152-160, 2011.

M. Shafri, and A. Manan, (2012). “Therapeutic Potential of the Haruan (Channa striatus): From Food to Medicinal Uses,” Malaysian Journal of Nutrition, vol. 18, 125-136, 2012.

S.H. Kwan, N.H.K. Abdul-Aziz, and M.N. Ismail, “Bioactive Proteins in Channa striata Promote Wound Healing through Angiogenesis and Cell Proliferation”, Protein and Peptide Letters, vol. 27, no. 1, pp. 48-59, 2020

O.W. Gultom, S. Lestari, and R. Nopianti, “Analisis Proksimat Protein Larut Air dan Protein Larut Garam Pada Beberapa Jenis Ikan Air Tawar Sumatera Selatan,” Jurnal Teknologi Hasil Perikanan, vol. 4, 120-127, 2015.

A. Tyagi, A. Tuknait., P. Anand., S. Gupta., M. Sharma., D. Mathur., A. Joshi., S. Singh., A. Gautam, and G. P. Raghava, “CancerPPD: A Database of Anticancer Peptides and Proteins,” Nucleic Acids Research, vol. 43, 837-843, 2015.

T.A. McMahon, Muscles, Reflexes and Locomotion. New Jersey: Princeton University Press, 1984.

Nursamsiar., A.T. Toding, dan A. Awaluddin, “Studi in silico Senyawa Turunan Analog Kalkon dan Pirimidin Sebagai Antiinflamasi: Prediksi Absorpsi, Distribusi dan Toksisitas,” Jurnal Farmasi Indonesia, vol. 13, 92-100, 2016.

A.T. Kusuma dan D. Hadi, “Virtual Screening Natural Compounds from Plants as Inhibitor Ofestrogen Receptor Alpha I (ESR1),” Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology, vol. 1, 30-41, 2019.

J. Lehmann, M. Retz., S.S. Sidhu., H. Suttmann., M. Sell., F. Paulsen., J. Harder., G. Unteregger, and M. Stockle, “Antitumor Activity of The Antimicrobial Peptide Magainin II Against Bladder Cancer Cell Lines,” European Urology, vol. 50: 141-147, 2005.

X. Yang, W.R. Shi., W.J. Yang., T. He., Y.S. Hu., S.S. Wang., W.M. Wei. and Y.D Qin. “Lactoferrin Peptides Inhibit the Proliferation of Gastric Cancer Cells and Induce Apoptosis in vitro,” Acta Univ Med Anhui, vol. 52, 781-785, 2017.

M. Asfar, A.B. Tawali, and M. Mahendradatta, “Potensi Ikan Gabus (Channa striata) Sebagai Sumber Makanan Sehat,” Prosiding Seminar Nasional Teknologi Industri, 2014.

J. Hue, H. Pan., W. Liang., D. Xiao., X. Chen., M. Guo, and J. He, “Prognostic Effect of Albumin to Globulin Ratio in Patients with Solid Tumors: A Systematic Review and Meta-analysis,” Journal of Cancer, vol. 8, 4002-4010, 2017.

L. Di and E. Kerns, Drug-Like Properties: Concept, Structure Design and Methods from ADME To Toxicity Optimization, London: Elsevier, 2008.

A.I. Dara dan P. Husni, “Teknik Meningkatkan Kelarutan Obat,” Farmaka, vol. 15, 49-57, 2017.

D. Sharma, M. Soni., S. Kumar, and G.D. Gupta, “Solubility Enhancement- Eminent Role in Poorly Soluble Drugs,” Journal of Pharmacy and Technology, vol. 2, 220-224, 2009.

J.I. Boye and S.B. Godefroy, Allergen Management in The Food Industry. Canada: John Wiley & Sons Inc., 2010.

R.A. Pandapotan and I. Rengganis, “Pendekatan Diagnosis dan Tata Laksana Alergi Obat,” Jurnal Penyakit Dalam Indonesia, vol. 3, 45-52, 2016.

R. Warrington and F.S. Dan, “Drug Allergy,” BioMed Central, vol. 7, 1-8, 2011.

I. Dimitrov, D.R. Flower, and I. Doytchinova, “Allertop: A Server for in silico Prediction Of Allergens,” BMC Bioinformatics, vol. 14, 1-9, 2013.

N.U. Khairah, M. Amin., D. Maulina, and I. Rakhmawati, “Molekular Docking Senyawa Zerumbone Sebagai Obat Anti-Bakteri Terhadap Protein TDP,” Jurnal Bioterdidik, vol. 7, 44-48, 2019.

J. Niggenaber, L. Heyden., T. Grabe., M.P. Muller., J. Lategahn, and D. Rauh, “Complex Crystal Structures of EGFR With Third-Generation Kinase Inhibitors and Simultaneously Bound Allosteric Ligands,” ACS Medicinal Chemistry Letters, vol. 12: 2484-2490, 2020.

R. Adelina, “Uji Molecular Docking Annomuricin E dan Muricapentocin Pada Aktivitas Antiproliferasi,” Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia, vol. 12, 32-36, 2014.

R. Huey, G.M. Morris, and S. Forli, Using AutoDock 4 and AutoDock Vina with AutoDockTools: A Tutorial. California: The Scripps Research, 2011.

G. Bittencourt-Ferreira and W.F. de Azevedo Jr., Docking with Swissdock in Methods In Molecular Biology, W.F. de Azevedo Jr. Eds. Berlin: Springer, 2019, 189-202.

D.K. Pratoko, “Molecular Docking Turunan Kalkon Terhadap Reseptor Estrogen β (Er-β) Sebagai Antikanker Payudara,” Jurnal Kimia Terapan Indonesia, vol. 14, 20-25, 2012.

Noviardi., Harry & Fachrurrazie, “Potensi Senyawa Bullatalisin Sebagai Inhibitor Protein Leukotrien A4 Hidrolase Pada Kanker Kolon Secara in silico,” Fitofarmaka, vol. 5, 243-51, 2015.

Arwansyah., L. Ambarsari, and T. I. Sumaryada, “Simulasi Docking Senyawa Kurkumin dan Analognya Sebagai Inhibitor Reseptor Androgen Pada Kanker Prostat,” Current Biochemistry, vol. 1, 11-19, 2014.

M.D. Toscano, K.J. Woycechowsky, and D. Hilvert, “Minimalist Active-Side Redesign: Teaching Old Enzymes New Tricks,” A Journal of The German Chemical Society, vol.46, 3212-3236, 2007.

L. Lins dan R. Brasseur, “The Hydrophobic Effect in Protein Folding,” Faseb Journal, vol. 9, 535-540, 1995.

R.A. Rachmania, S. Supandi dan F.A.D. Cristina, “Analisis Penambatan Molekul Senyawa Flavonoid Buah Mahkota Dewa (Phaleria macrocarpa (Scheff.) Boerl.) pada Reseptor α-Glukosidase Sebagai Antidiabetes,” Jurnal Farmasi Indonesia, vol. 13, 239-251, 2016.

D. Weininger, “SMILES, A Chemical Language and Information System. 1. Introduction to Methodology and Encoding Rules,” Journal of Chemical Information and Computer Science, vol. 28, 31-36, 1988.

C.A. Lipinski, F. Lombardo., B. W. Dominy, and P. J. Feeney, “Experimental and Computational Approaches to Estimate Solubility and Permeability in Drug Discovery and Development Settings,” Advanced Drug Delivery Reviews, vol. 23, 3-25, 1997.

M.S. Latif, T. Rusdiana, dan D. Gozali, “Pegaruh P-Glycoprotein (P-Gp) Terhadap Bioavaibilitas Atorvastatin,” Farmaka, vol. 15: 1-6, 2018.

J. Dressman & J. Kramer, Pharmaceutical Dissolution Testing. Boca Raton, FL: Taylor and Francis, 2005.

B. Manavalan, S. Basith., T. H. Shin., S. Choi, M. O. Kim, and G. Lee, “MLACP: Machine Learning Based Prediction of Anticancer Peptides,” Oncotarget, vol. 8, 77121-77136, 2017.

P. Agrawal, D. Bhagat., M. Mahalwal., N. Sharma, and G. P. S. Raghava. “AntiCP: 2.0 an Update Model for Predicting Anticancer Peptides,” Briefings in Bioinformatics, vol. 22, issue 3, 2020.

N. Jannah, “Studi in silico Analog Heksagamavunon-6 Sebagai Anti-Helicobacter Pylori,” Indonesian Journal of Pharmacy and Natural Product, vol. 3, 33-40, 2020.

A. Suhadi, Rizarullah dan Feriyani. “Simulasi Docking Senyawa Aktif Daun Binahong Sebagai Inhibitor Enzyme Aldose Reductase,” SEL Jurnal Penelitian Kesehatan, vol. 6, 45-65, 2019.




DOI: https://doi.org/10.17509/ci.v2i1.47302

Refbacks

  • Saat ini tidak ada refbacks.


##submission.copyrightStatement##