Rekomendasi Teknik Analisis Citra SEM Dengan Menggunakan Free Software ImageJ

Neng Nenden Mulyaningsih, Fita Widiyatun, Sri Endang Wahyuni

Abstract


Citra scanning electron microscope (SEM) telah diketahui dapat menghasilkan informasi data morfologi baik secara kualitatif maupun kuantitatif dari suatu sampel dalam skala mikro. Oleh karena itu diperlukan teknik analisis yang tepat dalam mengolah citra SEM untuk mendapatkan data yang akurat. Tujuan dari penelitian yang sudah dilakukan yaitu untuk mendapatkan teknik analisis citra SEM dengan menggunakan free software ImageJ. Citra SEM dari serat agave yang sudah diberi perlakuan dengan perendaman dalam larutan natrium hidroksida (NaOH) 5% selama 30 menit diambil tiga variasi perbesaran yaitu 250x, 500x dan 1000x. Parameter yang dianalisis berupa bentuk dan ukuran region of interest (ROI), nilai rata-rata dan penyimpangan pixel. Bentuk ROI yang dipilih yaitu rectangular, elliptical dan freehand, sementara ukuran ROI-nya masing-masing 100.000, 50.000 dan 25.000 pixel. Hasil analisis menunjukkan bahwa citra SEM dengan perbesaran 1000x pada ROI model freehand dengan ukuran 25.000 pixel mempunyai persentase standar deviasi yang paling rendah (9,325%). Kesimpulannya dalam menganalisis citra SEM dengan menggunakan aplikasi free software ImageJ direkomendasikan memilih gambar dengan perbesaran paling tinggi, bentuk ROI freehand dan ukuran ROI paling kecil.


References


Rueden, C.T., Schindelin, J., Hiner, M.C., DeZonia, B.E., Alison E. Walter, A.E., Arena, E.T., Eliceiri, K.W. (2017). ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data. BMC Bioinformatics, 18: 529.

Valente, A.J., Maddalena, L.A., Robb, E.L., Moradi, F., Stuart, J.A. (2017). A simple ImageJ macro tool for analyzing mitochondrial network morphology in mammalian cell culture. Acta Histochemica, 119: 315-326.

Schneider, C.A., Rasband, W.S., Eliceiri, K.W. (2012). NIH image to ImageJ: 25 years of image analysis. Nat. Methods, 9: 671.

Patel, A., Li, Z., Canete, P., Strobl, H., Dulin, J., Kadoya, K., Gibbs, D., Poplawski, G.H.D. (2018). AxonTracer: a novel ImageJ plugin for automated quantifcation of axon regeneration in spinal cord tissue. BMC Neuroscience, 19: 8

Wendykier, P., Nagy, J.G. (2010). Parallel colt: a high-performance Java library for scientific computing and image processing. ACM Trans. Math. Software, 37: 1–22.

Igathinathane, C., Pordesimo, L.O., Columbus, E.P., Batchelor, W.D., Methuku, S.R. (2008). Shape identification and particles size distribution from basic shape parameters using ImageJ. Comp. Electr. Agricult., 63: 168–182.

Timothy, M., Forlano, P.M. (2019). A versatile macro-based neurohistological image analysis suite for ImageJ focused on automated and standardized user interaction and reproducible data output. J. of Neurosci. Methods, 324: 108286.

Amandine, V., Cédric, M., Sergio, M., Patricia D. (2019). An ImageJ tool for simplified post-treatment of TEM phase contrast images (SPCI). Micron, 121: 90–98.

Tarasco, M., Cordelières, F.P., Cancela M.L., Laizé, V. (2020). ZFBONE: An ImageJ toolset for semi-automatic analysis of zebrafish bone structures. Bone, 138: 115480.

Torre, I.G., Heck, R.J., Tarquis, A.M. (2020). MULTIFRAC: An ImageJ plugin for multiscale characterization of 2D and 3D stack images. SoftwareX, 12: 100574.

Widiyatun, F., Mulyaningsih, N.N., Dwitiyanti, N. (2019). Analisis gugus fungsi dan morfologi serat agave dengan FTIR dan SEM. Laporan penelitian Dipa Unindra Tahun 2019 No:0357/SP3/KP/LPPM/UNINDRA/III/2019.

Kurniawan, C., Waluyo, T.B., Sebayang, P. (2011). Analisis ukuran partikel menggunakan free software Image-J. Seminar Nasional Fisika, Pusat Penelitian Fisika-LIPI, Serpong, 12-13 Juli 2011

Girish, V., Vijayalakshmi, A. (2004). Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ. Indian Journal Cancer, 41: 47.

Jensen, E.C. (2013). Quantitative analysis of histological staining and fluorescence using ImageJ. Anatomic. Record, 296: 378–381.




DOI: https://doi.org/10.17509/wafi.v5i2.28021

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2020 Wahana Fisika

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

Wahana Fisika e-ISSN : 2549-1989 (SK no. 0005.25491989/JI.3.1/SK.ISSN/2017.02 ) published by Physics Program ,  Universitas Pendidikan Indonesia Jl. Dr.Setiabudhi 229 Bandung. The journal is indexed by DOAJ (Directory of Open Access Journal) SINTA and Google Scholar. Contact: Here

Creative Commons License Lisensi : Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

View Stats